一九三二年十月大师三下闽南抵达厦门，最终定居闽南。这在给本妙法师作的《般若经论解序》中说：“余以宿缘，三游闽南，始于戊辰，次己巳，逮及壬申十月，是为最后。”

闽南气候宜人，生活安定，为大师弘法和著述提供了较为安定的外部环境，且闽南的民风古朴，深为大师所赞叹。大师在闽南的法缘非常殊胜，在大师于一九三八年给圆净居士的信中说：“今年在各地（泉、漳、厦、惠）讲经，法缘殊胜，昔所未有。”大师在闽南弘法不拘场所，随缘而定。内容宏扩，日期紧凑，效果极佳而富于特色。所讲之处，闻著无不欢欣鼓舞。如一九三八年在泉州讲《行愿品》时，“听众甚多，党部青年乃至基督教皆甚叹赞。同年四月，在写信给丰子恺居士的信上说：“乃今岁正月至泉州后，法缘殊胜，昔所未有，几如江流奔腾，不可歇止。”

大师的佛学著述大多在闽南完成。一九三三年八月于泉州点校《南山钞记》完稿，此项工作，“详阅圈点，并抄写科文，改正之讹误，迄今三年，始获首尾完竣。”

同年十一月于泉州开元寺作《南山道宣律祖弘传佛教年谱》。一九三五年春，于泉州承天寺完成了《藕益大师年谱》，一九三六年八月，闭关厦门鼓浪屿日光岩别院，校录《东瀛四分律行事钞资持记通释》完稿。一九三九年四月一九四０年十月，大师于永春普济寺校录《四分律删繁补阙行事钞》上、中、下三卷。大师的校阅工作极为辛苦，有时倾数月至数年之力。在他于惠安净峰寺写给广洽法师的信中说：“每日标点研习《南山律》约六七个小时”。可见大师论述工作的紧张。大师编撰校注的大批律学著作中，《四分律比丘戒相表记》和《南山律在家备览备略》最为重要。此外大师尚有序、跋、题记、法事行述等累累著述。

大师在闽南十四年中，极力推动促进闽南的僧教育，培养了大批的佛教人才。一九三二年、一九三四年，大师两次受常惺院长之请，帮助整顿闽南佛学院学风，并现身说法，教导青年学僧要“习劳、惜福、持戒、自尊”。后终因学僧纪律松弛，不受约束，而无从入手。因此，大师取《易经》“蒙以养正”之义，创造佛教养正院于南普陀寺。

大师曾于一九三一年发愿以弘律为己任，故十分地重视并乐于启导僧人自发组成学律组织。一九三三年大师应泉州开元寺住持转物和尚之请，由厦到泉，集合学僧十余人，于开元寺创建南山律学苑。“学员除了听律以外，并各自阅读圈点南山三大部，以作深入之研究